Agli albori del XVI secolo termina per la città la fase più tormentata della sua storia: essa viene inglobata nello Stato Pontificio sotto il quale resterà fino alla sua annessione al Regno d’Italia.
Secoli di dominazione imperiale, di sudditanza al papato e di dipendenza dalle signorie hanno accompagnato la città nel lungo cammino che l’ha portata a divenire parte del nascente stato italiano.
Con l’unità d’Italia e con la costruzione dello scalo ferroviario, la città si è aperta al commercio e soprattutto al turismo, essenzialmente religioso e di pochi visitatori di élite.
Nel 1926, in occasione del settimo centenario della morte di San Francesco, il Sindaco riuscì a portare ad Assisi oltre due milioni di pellegrini da tutto il mondo.
Papa Giovanni Paolo II l’ha eletta Capitale della Pace e del Dialogo.
La sua vita religiosa e culturale ed il suo stesso aspetto fisico sono da sempre fortemente permeati dalla figura di San Francesco.