Assisi conobbe il suo maggiore periodo di splendore tra il XII ed il XIII secolo quando fu libero comune.

Agli albori dell’anno mille, sostenne  lotte molto dure con la vicina Perugia, comune guelfo, con la quale infine pattuì una lunga pace. Risale a questo periodo (1182) la nascita di San Francesco che tanto influirà sulla vita della stessa città, non soltanto dal punto di vista strettamente religioso, ma anche e soprattutto dal punto di vista culturale e artistico. Alla figura di San Francesco è legato lo sviluppo artistico della città. Nel XIII secolo sorsero le basiliche dedicate a lui e a Santa Chiara, la cui costruzione e decorazione richiamò i principali artisti italiani del ’200 e ’300.

Si innalzano i Palazzi del Capitano del Popolo e del Monte Frumentario ed anche alcune porte. Nella pittura operano, oltre a Cimabue e Giotto, il Maestro di San Francesco e quello di Santa Chiara, Pisano e Lorenzetti.

Il regime feudale mal si conciliava con le pulsioni delle classi emergenti che nel 1198, dopo aver dato vita al libero Comune, rasero al suolo la Rocca Maggiore, sede dell’oppressore duca Corrado di Lutzen, potente fiduciario di Federico Barbarossa. In questo clima, fatto di stridenti contraddizioni, nasce Francesco di Bernardone. Il 16 luglio 1228 Gregorio IX giunge ad Assisi per proclamare santo Francesco; il giorno dopo benedice la prima pietra e si avviano i lavori della Basilica e del Sacro Convento: monumenti insigni che segneranno per sempre lo sviluppo edilizio e storico della città di Assisi.

A partire dal XIV secolo la prosperità di Assisi, soggetta a Perugia, cominciò a declinare sino a quando nel Quattrocento divenne parte dello Stato Pontificio.

Dopo un certo periodo di tranquillità conseguente alla pace con Perugia, Assisi, durante il rinascimento fu governata da diverse signorie il cui dominio fu caratterizzato da cruenti lotte con le città vicine, a seguito delle quali subì diversi terribili saccheggi e devastazioni.

In campo artistico lo stesso rinascimento vede ancora sorgere palazzi, fontane e, in campo pittorico, le opere più significative sono da additare nella costruzione della Basilica di Santa Maria degli Angeli.