Palazzo Bernabei già Sperelli, vescovo di Sanseverino Marche, venne progettato dal Giorgetti a metà del 1400. L’Assisi del 1500 passata sotto l’influenza papale ebbe un grande sviluppo nel campo dell’edilizia privata, con le famiglie nobiliari impegnate a rendere più belle e imponenti le loro dimore. Si passò pertanto da un’Assisi in cui spiccavano residenze per lo più di carattere artigiano a ristrutturazioni, ammodernamenti e rimodulazioni strutturali di proprietà esistenti. Palazzo Bernabei passò in seguito al principe romano Alessandro Torlonia e nel 1881 fu concesso ai padri cappuccini. Nel 1928 divenne sede del museo francescano.