Ubicata in posizione isolata (6 km da Assisi) tra i boschi del monte Subasio è documentata  per la prima volta  nel 1051 tra le dipendenze dell’abbazia di Farfa in Sabina, entro la quale epoca doveva già essere ultimata la costruzione dell’edificio, le cui linee architettoniche risalgono alla prima metà dell’ XI secolo.

San Benedetto al Subasio conobbe un certo splendore tra il XII e il XIII sec. quando i suoi abati controllavano più di trenta tra chiese e cappelle nella Valle Spoletina tra Assisi e Foligno. Nel XIV sec. ebbe inizio una inarrestabile decadenza che portò i monaci ad abbandonare l’abbazia. Della chiesa romanica si conservano le mura perimetrali e il presbiterio sopraelevato con una bella cripta ad oratorio. In scavi archeologici eseguiti nel 1945 è stata riportata alla luce una seconda cripta sorretta da tre colonne, nella quale è stata indicata la parte più antica del monastero del sec. X.

1260. L’Abbazia passò ai monaci cistercensi. Sul finire del sec. XIII divenne spesso rifugio dei gruppi di fuoriusciti banditi dalla città di Assisi nelle frequenti lotte tra famiglie rivali.

1339. Gli Assisiati ne distrussero gli apparati difensivi, per evitare che i fuorusciti si impadronissero stabilmente del complesso. Il monastero infatti per la sua posizione montana ai confini del Comune, era diventato come una fortezza e fu distrutto per ordine del Gonfaloniere di Assisi, Broglia di Trino, per essere divenuto rifugio dei fautori di Coccolino Michelotti espulso dalla città. La demolizione si estese, parzialmente, anche alla chiesa; scomparve il bel campanile, che si vede riprodotto da Giotto nella chiesa Superiore di Assisi (secondo quadro delle “Storie di S. Francesco”), e per l’abbandono dei monaci e il conseguente passaggio della proprietà a diversi padroni, l’insigne monumento continuò ad essere sempre più investito da una deplorevole rovina.

1391. Viene conquistata dall’esercito perugino.

1611. Un grande restauro fu compiuto ad opera dei “Canonici Regolari” detti “Monaci Azzurrini”, a cui era stata affidata l’Abbazia.

1860. Con la soppressione degli enti ecclesiastici, l’intero complesso monastico venne venduto a privati.

1909.Fu eseguito un secondo restauro relativamente al presbiterio: se il primo non ebbe risultati duraturi, per l’estinzione di quei “Canonici” avvenuta a poca distanza (1654), il secondo servì a deturpare la veneranda bellezza del Monastero.

1945. I benedettini di S. Pietro di Assisi, ripreso il possesso dell’Abbazia, hanno dato inizio ad un lungo lavoro di restauro durato circa un ventennio.

Caratteristiche

L’antichissima Abbazia di S. Benedetto è magnificamente inserita nel folto dei boschi del versante occidentale del monte Subasio, in posizione dominante la città di Assisi. Il complesso abbaziale è costituito da una serie di edifici e dalla chiesa. La chiesa, alla quale si accede attraverso un semplice portale a rincassi aperto in facciata, si presenta a navata unica con pianta a croce latina e con la zona presbiteriale rialzata. Al di sotto del presbiterio, affiancata dalla base del campanile, si apre la cripta romanica suddivisa in cinque navatelle da una serie di colonne con capitelli scolpiti. La copertura, in parte crollata, risulta caratterizzata da due archi diaframma delimitanti il presbiterio.

Ad oggi si possono vedere: gran parte delle mura perimetrali della chiesa abbaziale, di evidente stile romanico, ma assai semplice ed austero; l’antica foresteria, addossata alla chiesa dal lato a valle; l’antico presbiterio, sopraelevato al piano della navata, dalle linee agili e snelle, e che costituisce l’attuale chiesina, completamente restaurata; la sottostante mirabile cripta.
E’ questa una costruzione schiettamente romanica a pianta cruciforme, a volta sorretta da otto colonne monolitiche, di cui quattro dividono, in mezzo, il braccio trasversale della croce: due al tronco inferiore e due ai limiti del superiore, che costituisce l’abside. Le colonne sono sormontate da eleganti capitelli corinzi, l’uno diverso dall’altro. Su di un gradino, che si allunga per tutta la navata, è l’altare a cippo quadrato, di cui la mensa è recente. Il vano prende luce da tre piccole feritoie che si aprono nell’abside ed altre due, più grandi, ai lati del medesimo.
Unico ornamento residuo è una pietra tombale portante incisa la figura di un abate mitrato, con pastorale.
A sinistra, un vecchio cippo testimonia la presenza di un altro altare. Presso l’ingresso, a sinistra, la parte inferiore della parete è costituita dalla viva roccia.