Eretta tra il 1257e il 1265, sul sito della chiesa di San Giorgio ove fu sepolto San Francesco, di stile gotico secondo il modello francescano, ha facciata a capanna, una sola navata e l’abside poligonale ed è divisa in 4 campate, la pianta è a forma di T, in asse con la porta un magnifico rosone. Sui fianchi si appoggiano tre grandi archi rampanti (1351), per sostenere la spinta della copertura a volta; quelli del fianco destra sono celati dentro il monastero; gli altri si proiettano sulla piazza, donandole un caratteristico aspetto. All’interno custodisce il Crocefisso che, secondo la tradizione parlò a San Francesco, ospita affreschi di scuola umbra del Duecento e Trecento e nella cripta conserva una statua sarcofago con all’interno le ossa della Santa. Accanto alla chiesa è il monumentale Protomonastero di S. Chiara (non visitabile, clausura), costruito in un declivo tra Borgo Aretino e Mojano, in mezzo agli oliveti. Nel chiostro si può vedere la cripta dell’antica chiesa di S. Giorgio.

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