Al di fuori dalle antiche mura, a 4 chilometri dal centro, si erge, maestosa e bellissima la Basilica di Santa Maria degli Angeli: costruita fra il 1565 ed il 1685 su disegno di Galeazzo Alessi, conserva al suo interno la chiesina della Porziuncola (il piccolo appezzamento di terreno dove sorge la piccola chiesa fu concesso in uso dai Benedettini a San Francesco ed ai suoi primi compagni). La semplice cappella ha una volta ogivale, sulla facciata vi è un affresco di F. Overbek  che rappresenta il perdono di Assisi del 1829; all’interno nella parete d’altare è posta una tavola, di prete Ilario da Viterbo (1393) che rappresenta l’Annunciazione e scene connesse alla concessione del Perdono  di San Francesco, all’esterno vi è un’affresco di Pietro il Perugino raffigurante la Crocefissione (1486). Non lontana  dalla Porziuncola vi è la Cappella del Transito, dove morì Francesco il 3 ottobre del 1226. Dalla Basilica si può accedere al famoso Roseto senza spine e alla Cappella delle Rose affrescata da Tberio di Assisi (1516) ; nei locali del Convento duecentesco è ospitato il Museo della Porziuncola. Una elegante cupola alta 79 metri, si innalza su di un tamburo di pianta ottagonale, su cui si aprono ampi finestroni con timpani e lunette alternate.

Interno: La Basilica, a croce latina, è lunga 126 metri e larga 65. L’interno della basilica, a tre navate, ha uno stile essenziale e semplice. Questo dovuto al fatto di dare maggiore risalto all’opera d’arte di maggior importanza che racchiude: la Porziuncola.

Il transito: Sempre all’interno della Basilica si trova tale cappella. In origine era l’infermieria del convento originario, la sua fama è data dal fatto che, in tale luogo, San Francesco morì il 3 ottobre 1226. Sempre in tale luogo il santo umbro, finì di comporre il Cantico delle creature. Per celebrare tali eventi, nel 1886, Domenico Bruschi effettuò degli affreschi raffiguranti la morte di san Francesco e i suoi funerali. Vi sono, inoltre, ulteriori affreschi raffiguranti santi e beati francescani, eseguiti da un allievo del Perugino: Giovanni di Pietro, detto Spagna. In una teca è custodita un dono fatto da papa Pio IX alla confraternita: il cingolo di san Francesco.

Il roseto: In un’ala della Basilica si conserva il roseto. Tale luogo è famoso per un avvenimento che ha coinvolto san Francesco: una notte, infatti, il Santo, preso da forti dubbi e dal rimorso del peccato, si rotolò nudo nel roseto spinoso. Tale roseto, narra la tradizione, al contatto con il corpo del Santo perse tutte le spine così da non arrecargli alcun danno. Ancora oggi il roseto fiorisce senza spine.